Index

C

cmdscale() (in module pyseer.cmdscale)

correlation_filter() (in module pyseer.enet)

E

enet_predict() (in module pyseer.enet)

F

file_hash() (in module pyseer.input) find_enet_selected() (in module pyseer.enet) firth_likelihood() (in module pyseer.model) fit_enet() (in module pyseer.enet) fit_firth() (in module pyseer.model)

fit_lineage_effect() (in module pyseer.model) fit_lmm() (in module pyseer.lmm) fit_lmm_block() (in module pyseer.lmm) fit_null() (in module pyseer.model) fixed_effects_regression() (in module pyseer.model) format_output() (in module pyseer.utils)

H

hash_pattern() (in module pyseer.input)

I

initialise_lmm() (in module pyseer.lmm)

iter_variants() (in module pyseer.input) iter_variants_lmm() (in module pyseer.input)

L

load_all_vars() (in module pyseer.enet) load_burden() (in module pyseer.input) load_covariates() (in module pyseer.input)

load_lineage() (in module pyseer.input) load_phenotypes() (in module pyseer.input) load_structure() (in module pyseer.input) load_var_block() (in module pyseer.input)

M

module pyseer.cmdscale pyseer.enet pyseer.input pyseer.lmm pyseer.model pyseer.utils

O

open_variant_file() (in module pyseer.input)

P

pre_filtering() (in module pyseer.model) pyseer.cmdscale module pyseer.enet module pyseer.input module

pyseer.lmm module pyseer.model module pyseer.utils module

R

read_variant() (in module pyseer.input)

read_vcf_var() (in module pyseer.input)

S

set_env() (in module pyseer.utils)

W

write_lineage_predictions() (in module pyseer.enet)